Le comité de gestion répartit les ressources mentionnées à l'article LO 6175-2 du code général des collectivités territoriales entre la section de fonctionnement et la section d'investissement du fonds intercommunal de péréquation.
La part affectée à la section de fonctionnement ne peut être inférieure à 50 % de ces ressources.

La section de fonctionnement comprend :
1° La part des ressources mentionnées à l'article LO 6175-2 du code général des collectivités territoriales affectée à cette section par le comité de gestion ;
2° La part de fonctionnement de la dotation de rattrapage et de premier équipement prévue à l'article 38 de la loi du 11 juillet 2001 susvisée ;
3° Le produit des centimes additionnels à l'impôt sur le revenu des personnes physiques prévu à l'article 40 de la loi du 11 juillet 2001 susvisée.
Le produit des centimes additionnels à l'impôt sur le revenu des personnes physiques est provisoirement calculé sur la base du montant du principal de l'impôt inscrit au budget primitif de la collectivité départementale au titre de l'exercice précédent. Le montant définitif de ce produit est calculé sur la base du montant de l'impôt sur le revenu des personnes physiques constaté au compte administratif de l'exercice. Les montants provisoires et définitifs ainsi déterminés sont constatés par arrêté du préfet de Mayotte.

Sans préjudice de l'affectation, sur le fondement du second alinéa de l'article LO 6175-3 du code général des collectivités territoriales, d'une dotation à un établissement public de coopération communale, les ressources de la section de fonctionnement visées au 3° de l'article 9 sont réparties entre les communes, pour une part, qui ne peut être inférieure à 50 %, au prorata du nombre de leurs habitants et pour une autre part compte tenu de leurs charges appréciées selon des critères objectifs et mesurables prenant notamment en compte, pour chaque commune, sa superficie et le nombre d'élèves scolarisés dans les établissements d'enseignement primaire.

La répartition entre les communes des ressources de la section de fonctionnement est constatée par arrêté du préfet de Mayotte au vu des montants provisoires et définitifs de ces ressources.
A compter de 2008, les montants ainsi constatés et répartis sont attribués par versements mensuels à chaque commune.
A compter de 2008, pour l'application de l'article LO 6175-2 du code général des collectivités territoriales, le versement du budget de la collectivité départementale de Mayotte au fonds intercommunal de péréquation s'effectue mensuellement au plus tard le 15 de chaque mois.

La section d'investissement comprend :
1° La part des ressources mentionnées à l'article LO 6175-2 du code général des collectivités territoriales affectée à l'investissement par le comité de gestion ;
2° La part d'investissement de la dotation de rattrapage et de premier équipement ;
3° Les versements au titre du fonds de compensation de la taxe sur la valeur ajoutée ;
4° Le cas échéant, des subventions de l'Etat et de la collectivité départementale de Mayotte.

Chaque année, le comité de gestion définit les critères d'éligibilité des opérations d'investissement, arrête la liste des opérations d'équipement éligibles en tenant compte de l'ordre de priorité établi par chaque commune ou établissement public de coopération intercommunale et fixe, pour chaque opération, le montant de la dotation accordée.
Les subventions allouées en application du premier alinéa sont annulées et remises à la disposition du comité de gestion en vue d'une nouvelle affectation lorsque la commune ne peut pas justifier d'un début d'exécution de l'opération financée dans les deux années qui suivent la notification de la décision d'attribution.