Le directeur fonctionnel des services pénitentiaires peut être chargé des fonctions d'adjoint d'un directeur interrégional, de secrétaire général de direction interrégionale des services pénitentiaires et de directeur de certains établissements pénitentiaires.
Il peut également être chargé de missions auprès de l'administration centrale ou de l'inspection des services pénitentiaires. Au sein l'administration centrale, il est chargé de l'encadrement et du pilotage de projets faisant appel à des compétences particulières en matière notamment de sécurité et de gestion des personnes placées sous main de justice et qu'il a acquises dans les services déconcentrés.
La liste des emplois de directeur fonctionnel est fixée par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice.

L'emploi de directeur fonctionnel des services pénitentiaires comprend cinq échelons.
La durée du temps passé dans les échelons pour accéder à l'échelon supérieur est fixée à deux ans pour les premier, deuxième, troisième échelons et à trois ans pour le quatrième.