L'opérateur national de paye est dirigé par un directeur ayant la qualité de comptable public, qui peut être assisté de deux directeurs adjoints.

Par dérogation au décret n° 2012-32 du 9 janvier 2012 relatif aux emplois de chef de service et de sous-directeur des administrations de l'Etat, le directeur et les directeurs adjoints sont nommés par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique.

Le service comprend, outre des services communs, des départements responsables chacun d'un ou de plusieurs systèmes d'information.

Le directeur peut déléguer sa signature aux directeurs adjoints ainsi qu'à leurs collaborateurs pour signer tous actes, décisions ou conventions dans la limite de leurs attributions à l'exception des marchés dont le montant excède un seuil fixé par arrêté des deux ministres.