Le secrétaire général participe à l'élaboration de la stratégie de l'établissement et à la prise de décision. Il est responsable, sous l'autorité du directeur général, du secteur des finances, du budget et des instruments de gestion ainsi que de l'administration générale de l'établissement.

L'emploi de secrétaire général comporte quatre échelons. La durée du temps de services effectifs passée dans chaque échelon pour accéder à l'échelon supérieur est de dix-huit mois pour les premier et deuxième échelons et de deux ans pour le troisième échelon.

Peuvent être nommés dans l'emploi de secrétaire général les fonctionnaires appartenant à un des corps recrutés par la voie de l'Ecole nationale d'administration, les fonctionnaires relevant de la fonction publique de l'Etat, de la fonction publique territoriale ou de la fonction publique hospitalière et appartenant à un corps ou à un cadre d'emplois classé dans la catégorie A ou assimilée, dont l'indice terminal est supérieur à l'indice brut 1015, et les magistrats de l'ordre judiciaire. Ils doivent en outre justifier d'au moins huit années de services effectifs accomplis dans un ou plusieurs de ces corps ou cadres d'emplois ou accomplis en position de détachement dans un emploi fonctionnel.