Les écoles concourent à l'élaboration du projet d'établissement de l'institut. Elles sont administrées par un conseil et dirigées par un directeur choisi dans l'une des catégories de personnes ayant vocation à enseigner dans l'école. Le directeur est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du conseil, pour une durée de cinq ans renouvelable une fois.

Chaque école est créée et supprimée, sur demande ou après avis du conseil d'administration de l'institut et du conseil des études et de la vie universitaire, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. La composition du conseil, les modalités de désignation de ses membres et ses compétences sont définies par le règlement intérieur de l'institut.

Le directeur de l'école prépare les délibérations du conseil et en assure l'exécution. Il est ordonnateur secondaire des dépenses et des recettes. Il a autorité sur l'ensemble des personnels affectés par l'administrateur général dans sa composante. Aucune affectation ne peut y être prononcée s'il émet un avis défavorable motivé.