Le directeur général de l'établissement public est nommé par arrêté du ministre chargé de l'urbanisme, après avis du préfet de Vendée et du président du conseil d'administration.
Les fonctions de directeur général sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration.
Le directeur général est chargé de l'instruction préalable des affaires qui sont de la compétence de l'établissement. Il assiste de droit aux réunions du conseil d'administration et du bureau, dont il prépare et exécute les décisions. En particulier, il prépare et présente le programme pluriannuel d'intervention et les tranches annuelles, ainsi que l'état prévisionnel des recettes et des dépenses.
Il gère l'établissement, le représente dans les actes de la vie civile, passe les contrats, este en justice, prépare et conclut les transactions dans les conditions fixées par le conseil d'administration. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses. Il recrute le personnel et a autorité sur lui. Il peut déléguer sa signature.