Outre les services et sous-directions qui leur sont respectivement rattachés, la direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle et la direction générale pour la recherche et l'innovation comprennent deux services communs et une sous-direction commune :

- le service de la coordination stratégique et des territoires ;

- le service des grands projets immobiliers ;

- la sous-direction des systèmes d'information et des études statistiques.