L'Etablissement public d'aménagement universitaire est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.
Le conseil d'administration comprend, outre son président :
1° Onze membres de droit, dont :
a) Six représentants de l'Etat :
- le directeur général de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le secrétaire général du ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le directeur du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
- le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction au ministère chargé de la construction ou son représentant ;
- un représentant du ministre chargé de la santé ;
b) Trois représentants des établissements d'enseignement supérieur et organismes de recherche :
- le premier vice-président de la conférence des présidents d'université ou son représentant ;
- le premier vice-président de la conférence des directeurs des écoles françaises d'ingénieurs ou son représentant ;
- le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ;
c) Le président de l'Association des régions de France ou son représentant ;
d) Le président de l'Etablissement public du campus de Jussieu ou son représentant ;
2° Quatre personnalités qualifiées désignées, en raison de leurs compétences, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
3° Deux représentants du personnel de l'établissement élus dans les conditions fixées par délibération du conseil d'administration.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur, pour une durée de cinq ans renouvelable.
Il veille à l'accomplissement de ses missions par l'établissement.
Les membres du conseil d'administration autres que les membres de droit sont nommés pour une durée de cinq ans renouvelable. En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.

Le président et les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'établissement public pour des marchés de travaux, de fournitures ou de services. Ils ne peuvent également assurer aucune prestation pour ces entreprises, ni prêter un concours à titre onéreux à l'établissement public, sous quelque forme que ce soit.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit.
Une indemnité de fonction dont le montant est fixé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur peut être attribuée au président du conseil d'administration.
Les frais de déplacement et de séjour du président et des membres du conseil d'administration sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président.
Le conseil est, en outre, convoqué par le président à la demande du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou du tiers de ses membres. Dans ce cas, la séance a lieu dans un délai de deux mois à compter de la demande. Les questions dont le ministre chargé de l'enseignement supérieur ou le tiers des membres du conseil demandent l'examen à cette occasion sont inscrites de droit à l'ordre du jour.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est de nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de huit jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents. Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur général, l'autorité chargée du contrôle financier, l'agent comptable, ainsi que toute personne dont le président souhaite recueillir l'avis, assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement public. Il délibère notamment sur :
1° Les orientations de l'établissement et son programme d'activités pluriannuel ;
2° Les projets de conventions mentionnées à l'article 4 ;
3° Dans les conditions qu'il détermine, l'économie générale des contrats de partenariat mentionnés à l'article 3 ;
4° Le budget primitif et ses modifications ;
5° Le compte financier et l'affectation du résultat de l'exercice ;
6° Les emplois de direction et les autres catégories d'emplois de l'établissement ;
7° Les conditions de gestion administrative et financière des personnels contractuels de droit public et des fonctionnaires détachés sur contrat ; les modalités de désignation des représentants du personnel au conseil d'administration ;
8° La convention de gestion mentionnée à l'article 5 ;
9° L'organisation générale des services ;
10° Les conditions générales de passation des marchés, qui prévoient notamment la composition, les modalités de fonctionnement des jurys et commissions d'appel d'offre ;
11° Les dons et legs ;
12° Les prises, extensions et cessions de participations ;
13° L'exercice des actions en justice et les transactions liées aux opérations d'investissement et au fonctionnement de l'établissement public ;
14° Le rapport annuel d'activité.
Il autorise le directeur général à signer, après en avoir approuvé l'économie générale, les contrats de partenariat mentionnés à l'article 3.
Pour les matières énumérées aux 2°, 4°, 8°, 9°, 11° et 13°, le conseil d'administration peut déléguer ses pouvoirs au directeur général dans les conditions qu'il détermine.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.

Les délibérations du conseil d'administration mentionnées aux 1°, 8°, 9°, 11° et 13° de l'article 10 sont exécutoires de plein droit si le ministre chargé de l'enseignement supérieur n'y fait pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations mentionnées aux 2°, 3°, 4°, 6°, 7°, 10° et 12° deviennent exécutoires de plein droit si le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé du budget, et pour les 6° et 7°, le ministre chargé de la fonction publique, n'y font pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations portant sur le budget et ses modifications ainsi que sur le compte financier sont approuvées dans les conditions déterminées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.

Le directeur général est nommé pour une durée de cinq ans par décret en conseil des ministres, sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Le directeur général :
1° Prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° A autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement. Il recrute, nomme et gère les agents contractuels et les fonctionnaires détachés sur contrat. Il fixe leur rémunération ;
3° Est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Peut prendre, en accord avec l'autorité chargée du contrôle financier, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni accroissement des effectifs, ni diminution du montant total des recettes, ni virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres des dépenses de fonctionnement et les chapitres de dépenses de personnel. Ces décisions sont exécutoires après notification aux ministres chargés de l'enseignement supérieur et du budget et doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de la première séance qui suit leur adoption ;
5° Conclut toutes conventions se rapportant aux missions de l'établissement ; il est l'autorité responsable des marchés ;
6° Représente l'établissement en justice et dans les actes de la vie civile.
Le directeur général peut déléguer sa signature aux titulaires des emplois de direction et à des chefs de service. Ceux-ci, dans la limite des délégations qui leur sont consenties, peuvent subdéléguer leur signature dans des conditions fixées par décision du directeur général.
Les décisions de délégation de signature sont rendues publiques sur le site internet de l'établissement public. Une copie en est délivrée à tout tiers qui en fait la demande.