L'instance nationale élit en son sein, à bulletins secrets, son président et deux vice-présidents. Au premier et au deuxième tour de scrutin, l'élection a lieu à la majorité absolue des suffrages exprimés, exclusion faite des bulletins blancs ou nuls, et au troisième tour à la majorité relative des suffrages exprimés et, en cas de partage des voix, au bénéfice de l'âge.
Elle peut constituer en son sein :
1° Un bureau comprenant au maximum dix membres, dont le président et les deux vice-présidents de ladite instance ainsi que les présidents des sections professionnelles ;
2° Des commissions auxquelles elle peut déléguer une partie de ses attributions ;
3° Des commissions à titre consultatif comprenant notamment des suppléants ou des personnalités qui n'appartiennent pas à l'instance nationale.
Lorsque l'instance nationale délibère sur les questions propres aux régimes de base vieillesse, invalidité-décès des professions artisanales, industrielles et commerciales, les administrateurs élus du groupe des professions libérales siègent à titre consultatif.

L'instance nationale se réunit sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour de la séance.
Lorsque la réunion de l'instance nationale intervient à la demande du ou des ministres ou de la moitié au moins de ses membres, l'instance nationale est réunie dans les vingt jours de la réception de la demande afin de délibérer des questions posées.
L'instance nationale ne peut valablement délibérer que si la majorité de ses membres ayant voix délibérative assistent à la séance. Si le quorum n'est pas atteint, l'instance est à nouveau convoquée avec le même ordre du jour dans un délai maximal de vingt jours et délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents. En cas d'empêchement, un membre de l'instance peut donner délégation à un autre membre. Aucun membre ne peut recevoir plus d'une délégation.
Les délibérations de l'instance nationale sont adoptées à la majorité simple des membres présents et représentés.

L'instance nationale établit son règlement intérieur qui est soumis à l'approbation du ministre chargé de la sécurité sociale.

Les membres élus de l'instance nationale font partie de la section correspondant au groupe professionnel au titre duquel ils ont été élus.
Chaque section élit, dans les conditions précisées par le règlement intérieur de l'instance nationale, un président de section.
Les sections se réunissent sur convocation de leur président. Les représentants des ministres de tutelle et le contrôleur d'Etat compétent assistent aux séances et sont entendus chaque fois qu'ils le demandent.