Le comité élit tous les trois ans un président et un vice-président. Le président est élu soit parmi les représentants des collectivités territoriales, soit parmi les représentants des usagers et les personnes compétentes, soit parmi les représentants des milieux socioprofessionnels. Le vice-président est choisi dans l'une des deux catégories ci-dessus à laquelle le président n'appartient pas.
Les représentants de l'Etat ne prennent pas part à ces votes.