Le directeur du BEAD-air est un officier général nommé pour une durée de trois ans non renouvelable par décret en conseil des ministres.

Le directeur du BEAD-air a autorité sur tous les personnels du service.

Le directeur du BEAD-air est assisté par un directeur adjoint, nommé sur sa proposition, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.