Le chef d'établissement élabore, en concertation avec les équipes pédagogiques, un protocole pour les remplacements de courte durée qui en fixe les objectifs et les priorités ainsi que les principes et les modalités pratiques d'organisation propres à l'établissement. Il concerne en priorité le remplacement des absences qui sont prévisibles tout au long de l'année scolaire.
Le protocole est présenté par le chef d'établissement au conseil d'administration qui est régulièrement tenu informé des conditions de sa mise en oeuvre.