Pour chaque opération, un arrêté conjoint du ministre chargé du budget, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'environnement fixe le niveau maximal des aides qui peuvent être accordées au souscripteur.

Une enveloppe de crédits destinés au paiement des contrats de protection de l'environnement dans les espaces ruraux est notifiée annuellement aux préfets de région.

Le paiement des aides correspondantes est effectué par les organismes payeurs des dépenses financées par le Fonds européen d'orientation et de garantie agricole (FEOGA-G), tel que prévu dans leurs arrêtés d'agrément.