Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat aux transports et à la mer dispose de l'inspection générale de l'enseignement maritime, de l'inspection du travail et de la main-d'oeuvre des transports, de la direction générale de l'aviation civile, de la direction des transports terrestres, de la direction des affaires maritimes et des gens de mer, de la direction du transport maritime, des ports et du littoral, de la direction de l'Etablissement national des invalides de la marine et du secrétariat général au tunnel sous la Manche.

En tant que de besoin, il dispose également de l'inspection générale des services des affaires maritimes et des autres services, directions ou inspections générales mentionnnés par le décret du 2 juillet 1985 susvisé.