Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat à l'assurance maladie dispose de la direction de l'hospitalisation et de l'organisation des soins et de la direction de la sécurité sociale.

Il dispose également, en tant que de besoin, des autres directions et services placés sous l'autorité du ministre des solidarités, de la santé et de la famille ou placés sous l'autorité conjointe de celui-ci et du ministre de l'emploi, du travail et de la cohésion sociale ou de la ministre de la parité et de l'égalité professionnelle, notamment la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques, la délégation aux affaires européennes et internationales et le service de l'information et de la communication.