L'observatoire national est présidé par le président du Conseil économique, social et environnemental. Le président du Conseil économique, social et environnemental peut demander à l'un des vice-présidents de l'observatoire national de le suppléer.
Les vice-présidents de l'observatoire national sont au nombre de trois et sont élus pour une durée de cinq ans au sein de chacun des collèges, à raison de deux par le premier collège et d'un par le second collège de l'observatoire national. Les vice-présidents sont rééligibles.