La direction des affaires financières prépare le budget du ministère de la jeunesse, de l'éducation nationale et de la recherche, en suit l'exécution et en tient la comptabilité centrale. Elle évalue l'incidence financière des actions menées par le ministère et coordonne les études économiques et financières relatives à la jeunesse et à l'éducation nationale. Elle est chargée de coordonner la mise en oeuvre de la loi organique relative aux lois de finances et assure la mise en place des méthodes et instruments de contrôle de gestion, en liaison avec la direction des personnels, de la modernisation et de l'administration.

Elle assure la coordination des affaires statutaires et indemnitaires pour l'ensemble des personnels. Elle traite des problèmes relatifs aux pensions pour l'ensemble des personnels de l'enseignement scolaire, de l'enseignement supérieur, de la recherche, de la jeunesse et des sports.

Elle gère les crédits de personnels de l'enseignement scolaire et de l'enseignement supérieur. Elle assure le contrôle budgétaire des emplois.

Elle est chargée des questions relatives aux établissements privés d'enseignement, en liaison avec la direction de l'enseignement scolaire, pour les questions pédagogiques.