Les activités mentionnées à l'article 1er qui sont gérées par un établissement public de santé sont, conformément aux dispositions de l'article R. 714-3-9 du code de la santé publique, retracées dans le cadre d'un budget annexe de cet établissement.
Les règles relatives à la présentation de ce budget annexe sont, par dérogation aux dispositions du chapitre 2 du titre Ier, fixées par les articles R. 714-3-1 à R. 714-3-17 du code de la santé publique.
Les règles relatives à l'exécution de ce budget annexe sont conjointement fixées par les articles R. 714-3-27 à R. 714-3-53 du code de la santé publique, et par les dispositions du chapitre 5 du titre Ier du présent décret, à l'exception de son article 50. Toutefois, la transmission du bilan comptable propre en application du 1° du I de l'article 48 est remplacée par la transmission du bilan de l'établissement de santé.
Les dispositions des chapitres 3 et 4 du titre Ier du présent décret, relatives à la présentation des propositions budgétaires et à la procédure de fixation du tarif, sont applicables à ce budget annexe, à l'exception de l'article 14 et à l'exception des articles 19 et 26 en tant qu'ils ont trait aux opérations d'investissement.
Les dispositions des chapitres 6 et 7 du titre Ier du présent décret, relatives au contrôle et au contentieux, sont applicables aux activités sociales et médico-sociales retracées dans le budget annexe.

L'autorité de tarification du budget annexe social ou médico-social est tenue informée par le directeur de l'établissement de santé de toute affectation de résultats dans le budget dont elle fixe le tarif.

Lorsqu'un même budget annexe social ou médico-social regroupe des activités implantées dans des départements différents, l'autorité de tarification et l'autorité de contrôle compétentes sont celles du département du siège de l'établissement public de santé.

A l'article R. 714-3-13 du code de la santé publique :
I. - Au 2°, les mots : « et chacune des activités relevant de la loi n° 75-535 du 30 juin 1975 » sont remplacés par les mots : « et les établissements relevant du I de l'article L. 313-12 du code de l'action sociale et des familles ou de l'article 5 de la loi n° 2001-647 du 20 juillet 2001 ».
II. - Le 3° est abrogé et remplacé par l'alinéa suivant :
« Pour les activités relevant du I de l'article L. 312-1 du code de l'action sociale et des familles, à l'exception de celles mentionnées au 2° ci-dessus, les budgets annexes sont présentés conformément aux groupes fonctionnels fixés par l'arrêté pris pour l'application de l'article L. 315-15 du même code, sous réserve des reclassements comptables rendus nécessaires par le plan comptable des établissements publics de santé. »