Sur proposition des conseils départementaux des trois départements concernés, un schéma, arrêté par le préfet après avis du comité consultatif, indique les itinéraires autorisés et balisés pour le ski de fond, la raquette, la randonnée pédestre, la randonnée équestre et la pratique du vélo tout terrain. Pour des raisons de sauvegarde de la faune ou de la flore, le préfet peut, après avis du comité consultatif, autoriser une modification d'itinéraire.
Du 15 décembre au 14 juillet, toute forme de randonnée organisée ou d'activité sportive est interdite en dehors des itinéraires balisés et autorisés.
Du 15 juillet au 14 décembre, seules les activités pédestres à caractère de loisir peuvent s'exercer librement hors des sentiers balisés sous réserve que celles-ci n'engendrent pas de dégradation du milieu naturel.
Les manifestations sportives organisées sont soumises à autorisation du préfet. Elles se déroulent uniquement sur les sentiers balisés et à raison de deux manifestations au plus du 15 décembre au 14 juillet et de cinq manifestations au plus du 15 juillet au 14 décembre. Un cahier des charges arrêté par le préfet, après avis du comité consultatif, précise les modalités d'organisation et de déroulement de ces manifestations.
Toute manifestation sportive motorisée est interdite dans la réserve.