Le ministre chargé de la protection de la nature désigne parmi les préfets de la Haute-Saône, du territoire de Belfort et des Vosges celui qui exerce les pouvoirs conférés au préfet par le présent décret.

Le préfet, après avoir demandé l'avis des six communes intéressées et celui du comité consultatif mentionné à l'article 4 du présent décret, confie par voie de convention la gestion de la réserve naturelle aux propriétaires des terrains classés, à une association régie par la loi du 1er juillet 1901, à une collectivité territoriale, à un établissement public ou à une fondation.
Pour assurer la conservation du patrimoine naturel et de la biodiversité de la réserve, le gestionnaire conçoit et met en oeuvre un plan de gestion écologique qui s'appuie sur une évaluation scientifique du patrimoine naturel et de son évolution.
Le premier plan de gestion est soumis par le préfet, après avis du comité consultatif, à l'agrément du ministre chargé de la protection de la nature. Le plan de gestion est agréé par le ministre après avis du Conseil national de la protection de la nature. Le préfet veille à sa mise en oeuvre par le gestionnaire.
Les plans de gestion suivants sont approuvés par le préfet, après avis du comité consultatif. Toutefois, le préfet peut, si des modifications dans les objectifs de gestion le justifient, solliciter à nouveau l'agrément du ministre.

Il est créé un comité consultatif de la réserve présidé par le préfet ou son représentant. La composition de ce comité est fixée par arrêté du préfet. Il comprend, de manière équilibrée :
1° Des représentants des collectivités territoriales concernées, de propriétaires et d'usagers ;
2° Des représentants d'administrations et d'établissements publics concernés, notamment du ministère de la défense ;
3° Des personnalités scientifiques qualifiées et des représentants des associations de protection de la nature.
Les membres du comité sont nommés pour une durée de trois ans. Leur mandat peut être renouvelé.
Les membres du comité décédés ou démissionnaires, ou ceux qui, en cours de mandat, cessent d'exercer les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés, doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leurs prédécesseurs.
Le comité se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président. Il peut déléguer l'examen d'une question particulière à une formation restreinte.

Le comité consultatif donne son avis sur le fonctionnement de la réserve, sur sa gestion et sur les conditions d'application des mesures prévues au présent décret.
Il se prononce sur le plan de gestion de la réserve.
Il peut faire procéder à des études scientifiques et recueillir tout avis en vue d'assurer la conservation, la protection et l'amélioration du milieu naturel de la réserve.