La commission ne peut siéger valablement que si au moins quatre de ses membres sont présents.

En cas d'empêchement du président, le vice-président préside les réunions de la commission. En cas d'empêchement du président et du vice-président, le doyen d'âge des membres titulaires présents préside les réunions de la commission.

Les synthèses des rapports d'audit et de contrôle, les recommandations, ainsi que le rapport annuel d'activité sur les contrôles sont adoptés par la commission à la majorité des membres présents.

Les déclarations de validité sont également adoptées par la commission à la majorité des membres présents.

En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

La commission organise en tant que de besoin et au moins une fois par an une concertation avec les ministères concernés par la gestion et le contrôle des opérations cofinancées par les fonds structurels européens.