Le président préside le conseil d'administration. Il le convoque et fixe l'ordre du jour de ses réunions.
Il anime et coordonne la réflexion conduisant à la définition de la politique générale de l'agence. Il veille à l'accomplissement par celle-ci de ses missions.

En cas de changement de titulaire de la fonction de président du conseil général ou régional lorsque ce titulaire exerce la présidence du conseil d'administration de l'agence, son successeur dans la même fonction élective assure également la présidence du conseil d'administration jusqu'à l'expiration du mandat de son prédécesseur.