Les destinations de dépenses et les lignes de recettes font l'objet d'une nomenclature, propre à chaque établissement, prévue par arrêté des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget. Celle-ci détaille les agrégats de destinations de dépenses et les catégories de recettes définies aux articles 2 à 5, sans fixer la liste des unités ou groupes d'unités de recherche ni la liste des thèmes et programmes de recherche, qui relèvent de décisions de l'établissement.
Les natures de dépenses et les lignes de recettes correspondent à des comptes ou à des subdivisions de comptes du plan comptable de chaque établissement, ou à des regroupements.