Le comité de gestion du fonds procède à la sélection des projets. Il donne un avis sur l'octroi des aides financières. Cet avis est transmis au préfet pour décision.

Le comité est présidé par le préfet et composé comme suit :

trois représentants de la collectivité départementale ;

le président de l'Association des maires ;

le directeur de l'équipement ;

le directeur de l'agriculture, de la forêt et de la pêche ;

le directeur des douanes ;

le directeur du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle ;

le délégué à l'environnement ;

le chef du service des affaires maritimes ;

le directeur de l'Agence française de développement ;

le directeur de l'agence de développement de Mayotte.

Le secrétariat du comité de gestion est assuré par la direction de l'aménagement et du développement de la préfecture de Mayotte.

L'Agence française de développement donne un avis technique et financier sur les dossiers qui sont présentés au comité de gestion.