Un contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, exerce le contrôle financier de l'agence dans les conditions fixées par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'agence comprennent :
1° Les subventions, avances, fonds de concours ou contributions attribués par l'Etat, les établissements publics et par toutes autres personnes ;
2° Le produit des prestations de services mentionnées au deuxième alinéa de l'article 2 et des activités mentionnées au troisième alinéa de cet article ;
3° Le produit des concessions ;
4° Le produit des participations ;
5° Le produit des aliénations ;
6° Les dons et legs ;
7° Les produits de la gestion des biens de son patrimoine ;
8° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'agence comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement ;
3° Les frais d'études ;
4° Les frais d'équipement ;
5° Les impôts et contributions de toute nature ;
6° D'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'agence.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être créées auprès de l'agence dans les conditions prévues par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.