Chaque commission spécialisée des marchés dispose d'un secrétariat technique, placé sous l'autorité du président et rattaché administrativement à la direction des affaires juridiques du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie ainsi que de rapporteurs chargés d'étudier et de présenter les dossiers de la commission.

Les rapporteurs sont choisis soit parmi les membres du Conseil d'Etat, de la Cour des comptes ou de l'inspection générale des finances, sur proposition du vice-président du Conseil d'Etat, du premier président de la Cour des comptes ou du chef du service de l'inspection générale des finances, soit parmi les magistrats administratifs ou les agents de catégorie A ne relevant pas du ministère auquel appartient le service qui présente son marché. Le président peut également recourir, pour cette fonction de rapporteur, à des agents publics de catégorie A en retraite.

La liste des rapporteurs est arrêtée par le président de chaque commission.

Le président attribue les affaires à chaque rapporteur.