L'agence veille à l'harmonisation des standards techniques et propose des référentiels techniques communs. Afin de favoriser l'interopérabilité entre systèmes d'information, elle émet des recommandations en vue de la constitution d'un cadre commun, incluant des standards ou des profils de standard, ainsi que des référentiels. Ces recommandations sont publiées sur le site internet de l'agence et régulièrement examinées par le comité interministériel pour la réforme de l'Etat.

Elle encourage les administrations à utiliser des logiciels libres et des standards ouverts. Elle facilite le recours aux progiciels.