Les contrôleurs des affaires maritimes sont affectés dans les services du ministre chargé de la mer, dans les établissements publics placés sous sa tutelle ou dans les services maritimes de missions diplomatiques et de postes consulaires à l'étranger ou dans d'autres administrations de l'Etat désignées par arrêtés conjoints du ministre chargé de la mer et du ministre intéressé.

Les nominations aux différents grades et échelons sont prononcées par arrêté du ministre chargé de la mer. L'affectation dans les administrations relevant d'un autre ministre est prononcée par arrêté conjoint du ministre chargé de la mer et du ministre dont dépend l'administration intéressée.