La direction de l'eau élabore, anime et suit la politique relative :

à la connaissance, à la protection, à la police, à la gestion de l'eau et des milieux aquatiques continentaux, littoraux et marins et à la pêche en eau douce ;

à la gestion équilibrée des bassins fluviaux, des estuaires et des eaux littorales ;

à la protection, la police et la gestion des eaux superficielles et souterraines, la protection des eaux marines contre les pollutions, y compris accidentelles, la prévention des inondations, l'annonce des crues et l'assainissement des eaux.

A ce titre :

elle organise la coordination des ministères intéressés et prépare la programmation des crédits d'intervention non déconcentrés de l'Etat dans le domaine de l'eau et des milieux aquatiques ;

elle assure la tutelle des agences de l'eau et du Conseil supérieur de la pêche ;

elle assure le secrétariat de la mission interministérielle de l'eau et du Comité national de l'eau.

En liaison avec la direction générale de l'administration, des finances et des affaires internationales, elle oriente et évalue l'action technique des services déconcentrés de l'Etat intervenant dans ses domaines de compétence.

Elle gère le Fonds national de solidarité pour l'eau et prépare le rapport annuel au Parlement sur la politique de l'eau.