Le Haut Conseil donne un avis sur le programme annuel des évaluations produites et diffusées par le ministère de l'éducation nationale, notamment celles conduites par la direction de la programmation et du développement. Il se prononce sur les méthodologies utilisées à l'occasion de ces évaluations. Les résultats de ces évaluations sont débattus devant le Haut Conseil.

Le Haut Conseil expertise les évaluations externes du système éducatif. Il peut en faire réaliser. Il dispose, pour ce faire, de crédits d'études.

Le Haut Conseil fait une synthèse des différents travaux d'évaluation sur le système éducatif. Il a également pour mission de proposer l'élaboration d'outils nécessaires à l'évaluation du système éducatif, afin de favoriser le débat public sur l'éducation.

Le Haut Conseil établit un rapport annuel sur l'état de l'évaluation du système éducatif et sur l'impact des recommandations de ses précédents rapports. Le président du Haut Conseil présente ce rapport annuel au Conseil supérieur de l'éducation. Le rapport, les avis et les recommandations du Haut Conseil sont rendus publics.

Le Haut Conseil se réunit au moins deux fois par an. Il se réunit en outre à la demande du ministre, de son président ou de la majorité de ses membres.