Dans le secteur des fruits et légumes, le préfet de région du siège du comité économique agricole représente l'Etat auprès de ce dernier et est chargé de l'ensemble des missions dévolues au préfet du département par les chapitres II à VI du titre V du livre V du code rural.

En particulier, il a pour mission de vérifier que le mode d'organisation et de fonctionnement statutaire du comité et sa gestion financière sont conformes aux orientations ayant conduit à son agrément et aux missions confiées aux comités économiques agricoles.

En outre, il instruit les demandes d'extension obligatoire des règles des organisations de producteurs au sens de la réglementation communautaire.

Un arrêté du ministre de l'agriculture et de la pêche précise, en tant que de besoin, les conditions dans lesquelles s'exercent ces attributions.