Il est créé un comité consultatif de la réserve présidé par le préfet ou son représentant. La composition de ce comité est fixée par arrêté du préfet. Il comprend, de manière équilibrée :
1° Des représentants des collectivités territoriales concernées et des usagers ;
2° Des représentants des administrations et des établissements publics intéressés, dont un représentant du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres, propriétaire du site ;
3° Des personnalités scientifiques qualifiées et des représentants des associations de protection de la nature.
Les membres du comité sont nommés pour une durée de trois ans. Leur mandat peut être renouvelé. Les membres du comité décédés ou démissionnaires, ou ceux qui, en cours de mandat, cessent d'exercer les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés, doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leurs prédécesseurs.
Le comité se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président. Il peut déléguer l'examen d'une question particulière à une formation restreinte.

Le comité consultatif donne son avis sur le fonctionnement de la réserve, sur sa gestion et sur les conditions d'application des mesures prévues au présent décret.
Il se prononce sur le plan de gestion de la réserve.
Il peut faire procéder à des études scientifiques et recueillir tout avis en vue d'assurer la conservation, la protection et l'amélioration du milieu naturel de la réserve.

Après avis du comité consultatif et de la commune de Marseille, et en accord avec le conservatoire du littoral, propriétaire du site, le préfet confie par voie de convention la gestion de la réserve naturelle à une fondation, au propriétaire des terrains classés, une collectivité locale, une association régie par la loi du 1er juillet 1901, un établissement public ou un groupement d'intérêt public. Pour assurer la conservation du patrimoine naturel et de la biodiversité de la réserve qui ont motivé son classement, le gestionnaire conçoit et met en oeuvre un plan de gestion écologique de la réserve. A cette fin, il s'appuie sur une évaluation scientifique du patrimoine naturel et de son évolution. Le premier plan de gestion est soumis par le préfet après avis du comité consultatif à l'agrément du ministre chargé de la protection de la nature. Le plan de gestion est agréé par le ministre après avis du Conseil national de la protection de la nature. Le préfet veille à sa mise en oeuvre par le gestionnaire. Les plans de gestion suivants sont approuvés après avis du comité consultatif par le préfet, sauf si ce dernier estime opportun, en raison de modifications des objectifs, de solliciter à nouveau l'agrément du ministre.