Le lait est mis en fabrication le jour du ramassage, s'il est effectué toutes les 48 heures au maximum, ou avec un report de 24 heures au maximum si le ramassage a lieu tous les jours ou en cas de fabrication fermière.

Le lait destiné à la fabrication d'Epoisses est collecté, stocké et transformé indépendamment des autres laits soit par l'autonomie totale des circuits de collecte et des ateliers de transformation, soit au sein d'une installation unique, par la séparation des laits et des produits transformés, de la collecte du lait à l'affinage des fromages.

L'affinage dure au minimum quatre semaines à compter du jour de la mise en fabrication. Il s'accompagne de lavage à l'eau, salée ou non, puis additionnée de marc de Bourgogne de plus en plus concentré, jusqu'à maturité. Ces opérations sont effectuées de une à trois fois par semaine.