Le comité de déontologie est saisi par le service de déontologie de l'expertise :
― pour l'examen de toute candidature à un poste d'encadrement supérieur ainsi que de toute candidature pour laquelle ce service ainsi que la direction des ressources humaines estiment l'avis du comité nécessaire ;
― sur les projets de départ des agents de l'agence vers le secteur privé avant transmission des dossiers à la commission de déontologie de la fonction publique ainsi que sur les projets de cumul d'activités des agents de l'agence posant une difficulté déontologique particulière ;
― lorsque se pose un problème complexe ou particulièrement sensible en matière de déontologie ;
― à la demande du directeur général, sur toute autre question entrant dans son champ de compétence.