Le directeur de l'établissement public local est nommé par le ministre de l'agriculture. Si l'établissement public local ne comporte qu'un centre, le directeur de l'établissement public local est également directeur du centre.

Si l'établissement public local comporte plusieurs centres, le directeur du centre désigné comme siège de l'établissement public local par arrêté du préfet de région, dans les conditions prévues à l'article 15-5, deuxième alinéa, de la loi n° 83-663 du 22 juillet 1983, est directeur de l'établissement public local.