L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'agent comptable assiste aux séances du conseil permanent et peut assister aux séances des comités nationaux et du conseil des agréments et contrôles.

L'Institut national de l'origine et de la qualité est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements nationaux à caractère administratif et par les articles 151 et 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'agriculture. Il assiste aux séances du conseil permanent et peut assister aux séances des comités nationaux et du conseil des agréments et contrôles.