Le préfet peut confier, par voie de convention, à un organisme agréé en application de l'article R. 313-18, le soin de vérifier le contenu du dossier de demande.

L'instruction du plan d'investissements est menée sous l'autorité du préfet et comporte la consultation de l'établissement de crédit sollicité pour l'octroi des prêts spéciaux de modernisation.

Après avoir recueilli l'avis de la commission départementale d'orientation de l'agriculture, le préfet se prononce sur l'agrément du plan, au vu du rapport d'instruction.

Le silence gardé pendant plus de six mois par le préfet vaut décision de rejet.