L'Inventaire forestier national est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962.

Le contrôle financier sur l'établissement s'exerce dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005. Les modalités du contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé des forêts, dans les conditions fixées audit décret.

Les ressources de l'établissement comprennent :
1. Les dotations, subventions et autres versements de l'Etat, des collectivités publiques et de tous les organismes publics et privés nationaux ou internationaux ;
2. Le produit des participations ;
3. Les rémunérations des services rendus et d'informations diffusées ;
4. Le produit des taxes fiscales et redevances ou taxes d'apprentissage instituées à son profit ;
5. Le produit des intérêts et du remboursement des avances consenties ;
6. Le produit des cessions d'actifs ;
7. Le produit des ventes de publications et les revenus tirés des brevets ou inventions ;
8. Les revenus des biens meubles et immeubles ;
9. Les dons et legs, et, d'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements en vigueur.

Les dépenses de l'établissement comprennent les frais de personnels, de fonctionnement et d'équipement ainsi que, d'une manière générale, toutes celles que justifie l'activité de l'établissement.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé des forêts et du ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément au décret du 20 juillet 1992.