Les centres sont dirigés par un directeur assisté par un ou plusieurs directeurs adjoints, nommés dans les conditions fixées par le deuxième alinéa de l'article L. 114-11 et le décret n° 2015-633 du 5 juin 2015 relatif aux emplois de direction des centres de ressources, d'expertise et de performance sportives, de l'Ecole nationale des sports de montagne et de l'Ecole nationale de voile et des sports nautiques.

Le nombre de directeurs adjoints est précisé, pour chaque centre, par arrêté du ministre chargé des sports.

En cas de vacance ou d'empêchement du directeur, le ministre chargé des sports désigne d'urgence, après consultation du président du conseil régional, une personne chargée des fonctions de directeur du centre par intérim.