Les membres du comité médical du contrôle de la navigation aérienne siègent en toute indépendance. Ils ne peuvent prendre part aux délibérations portant sur l'examen de cas individuels dont ils ont déjà eu à connaître à l'occasion de leur activité extérieure au comité.
Hormis les membres du comité médical du contrôle de la navigation aérienne, peuvent être entendus par le comité, l'intéressé lui-même, le cas échéant le médecin désigné par l'intéressé et le médecin expert éventuellement désigné par le président.
Le comité ne peut valablement siéger que si quatre au moins de ses membres sont présents. Dans le cas où les dossiers traités sont relatifs à l'oto-rhino-laryngologie, l'ophtalmologie ou la psychiatrie, un spécialiste de ce type d'affection doit être présent, soit un membre du comité compétent dans cette spécialité, soit un expert désigné en raison de sa compétence dans cette spécialité. En cas d'égalité des voix, celle du président est prépondérante.
Les modalités de fonctionnement du comité médical du contrôle de la navigation aérienne sont fixées par arrêté des ministres chargés de l'aviation civile, de la fonction publique, de l'outre-mer et du ministre de la défense.