Tout organisme de formation en sûreté portuaire agréé peut faire l'objet d'un audit par les services compétents du ministre chargé des transports auprès desquels il tient à disposition un registre comportant les informations suivantes pour :
1° Chaque session de formation : lieu et date, nom et prénom des formateurs ;
2° Chaque stagiaire formé : nom, prénom, résultat obtenu au test de compétence, copie de l'attestation individuelle de formation).
En cas de manquements constatés, le ministre chargé des transports peut mettre en demeure l'organisme de formation en sûreté portuaire agréé de faire connaître dans un délai d'un mois ses observations relatives aux écarts constatés à son encontre ainsi que les mesures correctrices adoptées ou envisagées.

Tout organisme de formation en sûreté portuaire agréé notifie au ministre chargé des transports par courrier ou courriel, pièces et justificatifs à l'appui, toute modification, y compris après la date de dépôt du dossier, portant sur :
1° Sa raison sociale ;
2° Sa dénomination commerciale ;
3° Son statut ou son capital, notamment en cas de fusion avec un autre organisme ;
4° La liste des dirigeants et des formateurs ;
5° Son programme de formation ;
6° Le recours à tout éventuel sous-traitant.
Le ministre chargé des transports apprécie l'incidence de ces modifications sur l'agrément en cours de validité.

Tout organisme de formation en sûreté portuaire agréé établit un rapport d'activité annuel, tel que prévu par l'article R. 5332-54, conformément à l'annexe au présent article, qu'il transmet, au plus tard avant le 1er mars de l'année suivante, au ministre chargé des transports.