La commission de certification est chargée d'établir le certificat des comptes et le rapport prévus dans le règlement (CEE) n° 729/70 du Conseil du 21 avril 1970 modifié relatif au financement de la politique agricole commune, le règlement (CE) n° 1663/95 de la Commission du 7 juillet 1995 établissant les modalités d'application du règlement (CEE) n° 729/70 en ce qui concerne la procédure d'apurement des comptes du FEOGA, section Garantie, et le règlement (CEE) n° 2776/88 de la Commission du 7 septembre 1988 relatif aux données à transmettre par les Etats membres en vue de la prise en compte des dépenses financées au titre de la section Garantie du Fonds européen d'orientation et de garantie agricole (FEOGA).

Avant l'établissement du rapport, la commission procède à l'audition des services concernés relevant du ministère chargé des finances et du ministère chargé de l'agriculture, de la pêche et de l'alimentation.