L'établissement est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat dans les conditions définies par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955. Un arrêté du ministre de l'économie et des finances fixe les modalités particulières d'exercice de ce contrôle.

Un agent comptable, qui exerce ses fonctions dans les conditions définies par les décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés et par l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963, est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Cet arrêté fixe le montant de son cautionnement.

Outre ce qui est dit à l'article L. 767-2, les ressources de l'établissement sont constituées par :
1° Les contributions, prêts et avances du fonds social européen ou de tout autre organisme international ;
2° Les remboursements de prêts et avances ;
3° Les subventions et produits divers.
Les dépenses de l'établissement sont constitués par :
1° Des dépenses d'intervention, sous forme notamment de subventions dont le montant peut être forfaitaire ;
2° Des avances sur subvention selon les modalités fixées par le conseil d'administration ;
3° Des dépenses de fonctionnement et des dépenses d'investissement ;
4° Des dépenses diverses.

Un arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'intégration fixe le montant de l'indemnité représentative de frais qui peut être allouée au président du conseil d'administration du fonds d'action et de soutien pour l'intégration et la lutte contre les discriminations.
Les membres du conseil d'administration et ceux des commissions régionales sont indemnisés par l'établissement des frais qu'occasionne leur participation à ces instances, conformément aux dispositions de l'article 38 de la loi n° 85-772 du 25 juillet 1985.