La comptabilité générale est tenue en partie double. Elle doit enregistrer au jour le jour les variations des éléments d'actif et de passif de l'organisme.

Elle est centralisée une fois par mois, avec établissement de balances trimestrielles.

L'agent comptable national établit le compte combiné selon les dispositions définies par les textes pris en application des articles L. 114-6 et L. 114-8 et relatifs aux règles de combinaison des comptes des organismes de sécurité sociale.