Les dépenses occasionnées aux caisses d'allocations familiales par la gestion de cette aide sont remboursées par le Fonds national d'aide au logement à concurrence d'un montant égal à un pourcentage des contributions de l'Etat et des caisses centrales de mutualité sociale agricole. Ce pourcentage est fixé par arrêté des ministres chargés de la sécurité sociale, du budget, du logement et de l'agriculture.

Le Fonds national d'aide au logement rembourse la Caisse nationale des allocations familiales de ses frais de gestion sur justification.