Les centres de recherche relevant de l'Institut national de recherche en informatique et en automatique sont créés par décision du président de l'institut après avis du conseil scientifique.
Ils reçoivent sous forme de dotations globales les crédits qui leur sont alloués au titre de leur fonctionnement, de leur petit et moyen équipement et de leurs missions.

Les directeurs des centres de recherche sont nommés par décision du président de l'institut après avis du conseil scientifique. La durée maximale d'un mandat est de cinq ans. Nul ne peut diriger le même centre de recherche pendant plus de dix années consécutives.
Le président de l'institut définit les attributions des directeurs des centres de recherche dans le cadre de l'organisation générale de l'institut.

Le conseil scientifique institué auprès du président du conseil d'administration est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique.
Il donne notamment son avis au conseil d'administration sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut, les programmes de recherche et le rapport annuel d'activité.
Il est consulté par le président de l'institut sur la création et la suppression des centres de recherche, ainsi que sur la nomination de leur directeur, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin.
Le conseil scientifique se réunit sur convocation de son président. Il délibère sur un ordre du jour arrêté par le président de l'institut.
En cas d'empêchement du président, le conseil scientifique désigne un président de séance.

Le conseil scientifique comprend onze personnalités qualifiées, dont au moins une de nationalité étrangère, nommées par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie, dont :
1° Deux personnalités de l'industrie du numérique proposées par le ministre chargé de l'économie numérique ;
2° Deux personnalités, choisies parmi les utilisateurs des technologies relevant du champ de compétences de l'établissement, proposées par le ministre chargé de l'industrie ;
3° Trois personnalités scientifiques proposées par le ministre chargé de la recherche ;
4° Trois personnalités scientifiques proposées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
5° Une personnalité scientifique proposée par le ministre de la défense.
Le conseil scientifique comprend également quatre membres du personnel de l'institut ou leur suppléant, dont trois chercheurs, élus par le personnel. Les modalités d'organisation des élections ainsi que les modalités de remplacement des membres élus sont fixées par le règlement intérieur de l'institut.
La durée du mandat des membres du conseil scientifique est de cinq ans renouvelable une fois.
Le président du conseil scientifique, choisi parmi les personnalités qualifiées, est nommé par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'industrie.
Les membres démissionnaires ou décédés ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.
Les fonctions de membres du conseil scientifique sont gratuites. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.