L'Institut de recherche pour le développement est administré par un conseil d'administration présidé par le président de l'institut.
Le président assure la direction générale de l'établissement. Il est assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués qu'il nomme.
L'institut comprend un conseil scientifique, un conseil d'orientation et des commissions scientifiques sectorielles ainsi qu'une ou plusieurs commissions de gestion de la recherche et de ses applications.

Le conseil d'administration de l'Institut de recherche pour le développement comprend, outre le président :
1° Six membres nommément désignés pour quatre ans, représentant respectivement les ministres chargés de la recherche, du développement international, des affaires étrangères, du budget, de l'enseignement supérieur et de l'outre-mer. Pour chaque titulaire, un suppléant est nommément désigné dans les mêmes conditions ; il siège en cas d'absence ou d'empêchement du titulaire ;
2° Huit personnalités qualifiées extérieures à l'institut, nommées pour quatre ans, dans les conditions prévues à l'article 52 de la loi n° 2012-347 du 12 mars 2012 relative à l'accès à l'emploi titulaire et à l'amélioration des conditions d'emploi des agents contractuels dans la fonction publique, à la lutte contre les discriminations et portant diverses dispositions relatives à la fonction publique, par arrêté des ministres chargés de la recherche et du développement international, dont quatre représentant les organismes publics de recherche ;
3° Six représentants élus par les personnels de l'institut pour une durée de quatre ans, suivant des modalités fixées par arrêté des ministres chargés de la recherche et du développement international, dont trois choisis parmi les chercheurs et trois parmi les ingénieurs, techniciens et personnels administratifs de l'institut.
L'une des personnalités mentionnées au 2° est nommée sur proposition du ministre chargé de l'outre-mer.
Le ou les directeurs généraux délégués, le président du conseil scientifique, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. Le président de l'institut peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Toute vacance, par décès, démission, ou perte de la qualité au titre de laquelle un membre du conseil d'administration a été nommé ou élu, donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir. En cas de décès, démission, empêchement ou perte de leur qualité, il est procédé au remplacement des membres nommés en application du 1° lorsque leur suppléant se trouve lui-même dans l'impossibilité de siéger.
Le mandat des membres élus débute à la date de signature de l'arrêté portant nomination des membres nommés au titre du 2°.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le conseil d'administration délibère sur :
1° Les grandes orientations de la politique de l'institut, les programmes généraux de recherche et les mesures générales relatives à l'organisation et au fonctionnement ;
2° Le plan stratégique et le projet de contrat pluriannuel prévu à l'article L. 311-2 ;
3° La composition et les règles de fonctionnement du conseil d'orientation prévu à l'article R. 325-9 ;
4° Le budget et, sous réserve des dispositions du quatrième alinéa de l'article R. 325-8, ses modifications ainsi que le compte financier ;
5° Le rapport annuel d'activité ;
6° Les emprunts ;
7° Les acquisitions, aliénations, échanges, locations, baux, constructions et grosses réparations d'immeubles ;
8° Les contrats et marchés ;
9° Les redevances et rémunérations de toute nature perçues par l'institut ;
10° Les règles encadrant le versement d'aides financières individuelles mentionnées au 7° de l'article R. 325-3 ;
11° Les dons et legs ;
12° La création de filiales, les prises, cessions ou extensions de participations financières ;
13° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
14° La politique d'action sociale de l'institut ;
15° Les actions en justice, les transactions ainsi que le recours à l'arbitrage.
Le conseil d'administration peut demander à l'instance mentionnée à l'article L. 114-3-1 de procéder à l'évaluation de l'établissement ou mettre cette instance en mesure de s'assurer de la qualité de cette évaluation, dans les conditions prévues au 1° de cet article.
Le conseil d'administration se prononce en outre sur les questions qui lui sont soumises par le président de l'institut, le ministre chargé de la recherche ou le ministre chargé du développement international.
En ce qui concerne les matières énumérées aux 7°, 8°, 9°, 11°, 13° et 15°, le conseil d'administration peut déléguer une partie de ses pouvoirs au président de l'institut. Celui-ci lui rend compte, à sa prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.
Il est également convoqué à la demande de la majorité de ses membres ou de l'un des ministres de tutelle.
Le conseil d'administration ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente, représentée ou participe à la séance dans les conditions prévues par le décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué, avec le même ordre du jour, dans un délai maximum de trois semaines. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité des membres participant à la délibération dans les conditions prévues au troisième alinéa. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux deuxième, troisième et quatrième alinéas sont exécutoires quinze jours après leur réception par les ministres chargés de la recherche et du développement international, à moins que ceux-ci n'y fassent opposition. En cas d'urgence, les ministres chargés de la recherche et du développement international peuvent conjointement autoriser l'exécution immédiate de la délibération.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges ou aliénations d'immeubles ainsi que sur la participation aux organismes dotés de la personnalité morale sont exécutoires, sauf opposition des ministres de tutelle ou du ministre chargé du budget, dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres.
Les délibérations portant sur les matières mentionnées au 12° de l'article R. 325-6 sont exécutoires, sauf opposition des ministres chargés de la recherche, du développement international, de l'économie ou du budget, dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres.

Le conseil d'orientation de l'Institut de recherche pour le développement, au sein duquel sont notamment représentés les établissements et organismes partenaires de l'institut ainsi que les ministres sous la tutelle desquels il est placé, est chargé d'organiser la concertation entre l'institut et ses partenaires des zones géographiques dans lesquelles il intervient.

Le président de l'Institut de recherche pour le développement est responsable de la politique générale de l'institut. Il en assure la direction scientifique, administrative et financière. Il gère le personnel.
Le président est nommé sur proposition conjointe des ministres chargés de la recherche et du développement international, pour une période de quatre ans renouvelable une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et après l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article R. 325-11.

La commission d'examen des candidatures mentionnée à l'article R. 325-10 est composée de quatre ou six personnalités choisies en raison de leur compétence dans les domaines d'activités de l'établissement, parmi lesquelles un président, nommées par arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche et du développement international. Elle comprend un nombre égal de femmes et d'hommes.
Après examen des dossiers de candidature transmis à chacun de ses membres par les ministres chargés de la recherche et du développement international, la commission sélectionne les candidats qu'elle auditionnera, dans la limite de six. En cas de partage des avis sur le choix de ces candidats, la voix du président de la commission est prépondérante. La commission transmet aux ministres chargés de la recherche et du développement international un rapport écrit motivant l'avis porté sur chacun des candidats auditionnés.
La liste des candidats, les dossiers de candidature et les débats de la commission sont confidentiels.
Les membres de la commission exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.
Le mandat des membres de la commission cesse de plein droit à compter de la date de nomination du président de l'institut.

Le président de l'institut assure, en liaison avec les départements ministériels concernés, les relations de l'établissement avec les partenaires nationaux et étrangers ainsi qu'avec les organisations internationales intervenant dans son domaine d'activité.
Il prépare et met en œuvre les délibérations du conseil d'administration.
Il arrête notamment les projets de programmes généraux de recherche préparés avec le concours du conseil scientifique et détermine les moyens nécessaires à leur réalisation.
Il nomme les représentants de l'institut en outre-mer, dans les pays étrangers et auprès des organismes internationaux intervenant dans son domaine d'activité.
Il représente l'institut en justice et passe tous actes, contrats ou marchés, notamment les contrats internationaux. Il procède à toutes acquisitions, tous dépôts ou cessions de brevets ou licences.
Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs généraux délégués et à d'autres agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un département ou un service de l'établissement ou dans une unité commune avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.
Il peut déléguer sa signature.