Le président de l'Institut de recherche pour le développement est responsable de la politique générale de l'institut. Il en assure la direction scientifique, administrative et financière. Il gère le personnel.

Le président est nommé sur proposition conjointe des ministres chargés de la recherche et du développement international, pour une période de quatre ans renouvelable une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et après l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article R. 325-11.