A la réception de l'ordre d'envoi, le président du conseil de discipline instruit le dossier de l'affaire pour laquelle le conseil a été constitué, communique de nouveau au comparant les pièces et documents au vu desquels il est envisagé de le sanctionner et recueille ses observations éventuelles.

Le président du conseil ne peut refuser la demande du comparant de faire entendre son président de catégorie ou, pour la gendarmerie nationale, son président du personnel militaire, si ce dernier le souhaite.

Le président convoque le conseil de discipline et notifie au comparant la date de la réunion qui ne peut avoir lieu avant l'expiration d'un délai de deux jours francs à compter de cette notification.

En cas d'indisponibilité du président ou de l'un des membres du conseil de discipline, l'autorité mentionnée à l'article R. 4137-53 procède à leur remplacement en désignant leur suppléant respectif. La date de la réunion du conseil de discipline est, le cas échéant, reportée.

Lorsque le conseil se réunit, il prend connaissance des renseignements fournis par écrit et entend successivement et séparément les personnes dont il estime que l'audition est utile à l'examen de l'affaire. Le comparant et son défenseur ainsi que les membres du conseil peuvent, sous l'autorité du président, leur poser des questions. Les membres du conseil peuvent, sous l'autorité du président, poser des questions au comparant.
Le comparant et son défenseur présentent leurs observations ; en cas d'une nouvelle intervention postérieure d'un membre du conseil de discipline, le comparant et son défenseur peuvent prendre à nouveau la parole, le comparant s'exprimant en tout état de cause en dernier.

Le conseil de discipline délibère à huis clos hors de la présence du comparant, du militaire qui l'assiste et des personnes entendues.
Le cas échéant, le président du conseil peut décider de suspendre les délibérations et d'entendre à nouveau le comparant et son défenseur.
Au vu des observations écrites produites devant lui et compte tenu, le cas échéant, des déclarations orales du comparant et des personnes entendues, le conseil de discipline délibère et émet un avis sur les suites qui lui paraissent devoir être réservées à la procédure disciplinaire engagée.
Le président soumet au vote les sanctions disciplinaires en commençant par la plus sévère jusqu'à ce que l'une d'elles recueille un accord.
Dans l'hypothèse où la délibération ne permet pas de recueillir l'accord de la majorité des membres sur une proposition de sanction, le conseil est considéré comme ayant été consulté et ne s'étant prononcé en faveur d'aucune sanction.

Le président et les autres membres du conseil ne peuvent s'abstenir et doivent répondre par oui ou par non à chaque question posée. Le vote a lieu à bulletin secret. La majorité forme l'avis du conseil.
L'avis du conseil de discipline, établi dès la fin de la séance, est signé par tous les membres du conseil et immédiatement envoyé, avec les pièces à l'appui, au ministre de la défense ou à l'autorité habilitée par lui à prononcer la sanction.

Le conseil de discipline est dissous de plein droit après avoir donné son avis sur l'affaire pour laquelle il a été réuni. Ses membres sont tenus au secret des délibérations.

A compter du jour de la réception du procès-verbal de la réunion du conseil de discipline, l'autorité ayant pouvoir de décision notifie par écrit sa décision, avec l'avis émis par le conseil, au militaire en cause. Une copie de cette décision est transmise au président du conseil.

Lorsque plusieurs militaires sont impliqués dans une même affaire, ils comparaissent devant un seul conseil de discipline.

Ce conseil de discipline comprend :

1° Deux officiers détenant un grade plus élevé que celui du comparant le plus élevé en grade. Le président est le plus ancien dans le grade le plus élevé ;

2° Pour chaque comparant, un militaire du même grade et de la même force armée ou formation rattachée, qui, lorsqu'un des militaires qui comparait est un militaire servant en vertu d'un contrat, doit être également sous contrat.

Ce conseil délibère et vote distinctement par comparant. Prennent part à chaque délibération et à chaque vote les membres du conseil mentionnés au 1° et le membre mentionné au 2° pour la délibération et le vote relatifs au comparant au titre duquel il a été désigné.

Le ministre de la défense désigne par arrêté l'autorité chargée de constituer le conseil et d'établir les listes mentionnées à l'article R. 4137-54.

En cas d'absence illégale ou de désertion du militaire au cours de la procédure, celle-ci se poursuit en l'absence de l'intéressé. Mention est faite de l'absence illégale ou de l'état de désertion du militaire dans chaque document établi au cours de la procédure.
En cas d'absence illégale ou de désertion avant la procédure, une sanction disciplinaire du deuxième groupe peut être prononcée sans que soit demandé l'avis d'un conseil de discipline. Dans ce cas, la décision prononçant la sanction disciplinaire doit être précédée de l'envoi à la dernière adresse connue du militaire d'une mise en demeure, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, l'enjoignant de rejoindre sa formation administrative et lui indiquant les conséquences disciplinaires de son abandon de poste.