Le musée national de la Marine est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Un contrôleur financier placé sous l'autorité du ministre chargé du budget exerce le contrôle du fonctionnement financier de l'établissement. Ses attributions sont fixées par arrêté du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.